Le programme de l'année s'étale sur trois trimestres, de fin septembre à fin juin-début juillet. S'il s'agit d'une durée qui correspond à peu près à une année universitaire, c'est surtout un quasi-cycle liturgique ; le déroulement de l'année sous l'angle de la célébration du mystère chrétien est une donnée essentielle du parcours à la MSA.

Le premier trimestre se vit presque entièrement sur place. C'est le temps des commencements, inauguré par une retraite de 8 jours. La vie réglée se met en route : offices, messe, lecture de la Bible (lue en totalité dans l'année), cours, repas, services communautaires, activités sportives etc. viennent ponctuer chaque journée, qui comporte aussi des temps personnels que chacun emploie à la prière, la lecture, l'entretien (hebdomadaire) avec le père spirituel, la détente… Chaque semaine, deux temps libres permettent, si on le veut, de sortir, de se récréer.

Le jeudi après-midi est réservé à la visite des malades dans les hôpitaux, qui est un temps fort de rencontre et d'écoute.

Les cours sont peu nombreux ; une heure et quart par jour et par matière suffisent à engager l'intelligence dans le travail de fondation. La lecture spirituelle, les cours de vie spirituelle (cours donné par le supérieur en vue de la régulation de la vie commune et donner des repères en fonction des objectifs de la MSA), d'Écriture Sainte, de liturgie et de théologie offrent une initiation à l'étude du mystère chrétien. Un cours de chant vient développer la sensibilité liturgique.

L'aspect de connaissance du diocèse se trouve conforté par les visites de l'archevêque, des évêques auxiliaires et vicaires généraux, de nombreux prêtres, de laïcs. Un pèlerinage dans Paris inaugure le temps liturgique de l'avent : le cheminement de paroisses en chapelles et autres sanctuaires est un moyen de découvrir Paris sous l'angle de la présence chrétienne et de son fruit, la sainteté.

Le deuxième trimestre est marqué par un temps de service des plus pauvres, nommé "expériment". Il a lieu en dehors de la maison, chacun étant accueilli par une communauté où la participation à un travail souvent modeste mais exigeant donne de vivre avec nos frères souffrants, handicapés, exclus, etc. C'est, au plus profond, une rencontre avec le Christ qui s'identifie au "plus petit de ses frères" (cf. Mt 25,31-46). Cette expérience est une étape fondamentale dans le parcours d'ensemble de la MSA. Elle fait entrer de plain pied, et dans la durée, dans la réalité de l'amour des pauvres, expérience personnelle du don de soi qui approfondit le sens du service dans l'Église servante.

Le retour à la MSA après l'expériment n'est jamais très loin de l'entrée en carême. Avec toute l'Église, la communauté s'engage résolument, et au quotidien, dans une attitude de conversion à la suite du Christ qui marche vers sa Passion. La célébration de la semaine sainte est particulièrement stimulante ; les efforts déployés pour la préparation de la liturgie et sa célébration sont une bonne préparation à l'étape majeure du troisième trimestre, la grande retraite.

Au cours du deuxième trimestre, une visite dans Paris en trois journées porte sur les aspects historiques et pastoraux de la vie chrétienne dans le diocèse.

Le troisième trimestre est donc largement occupé par la grande retraite de 30 jours. Deux types de retraite sont actuellement proposés : les exercices de saint Ignace, et une retraite au fil de l'Évangile de saint Marc. Dans les deux cas, la retraite est accompagnée individuellement. Le retraitant cherche patiemment à suivre le Christ de plus près encore, dans le silence et l'obéissance.

Si cette retraite peut apparaître comme la conclusion d'un parcours déjà riche, elle est en même temps une ouverture. La vie spirituelle y trouve un réel approfondissement, et même si ses effets ne sont pas toujours immédiatement mesurables, une telle expérience, surtout dans la durée, est indéniablement fondatrice.

De retour à la MSA, la vie quotidienne reprend pour quelques semaines encore. C'est le moment pour chaque Augustinien de faire mémoire de son parcours, et de présenter au supérieur le résultat de son discernement : demander d'entrer au séminaire de Paris, ou prendre une autre route. Il s'agit, dans un acte de confiance et d'abandon, d'une remise entre les mains de l'Église de l'expression d'un désir d'aimer et de servir dans un état de vie donné.